Не освобождается место после удаления файла.

Ищем того, кто держит файл.
# lsof | grep deleted | grep catalina.out

Получаем id процесса.
java 2963 jira 1w REG 253,0 709437 1838640 /opt/atlassian/jira/logs/catalina.out (deleted)

Ищем ссылку на файл.
# ls -l /proc/2963/fd | grep catalina.out
l-wx------. 1 jira jira 64 Feb 28 16:34 1 -> /opt/atlassian/jira/logs/catalina.out (deleted)

Обнуляем файл.

# cat /dev/null > /proc/2963/fd/1