Ntpdate работает, а ntpd - нет.

Бывает, что ntpdate синхронизирует, а ntpd - нет.

# ntpq -pn
     remote           refid      st t when poll reach   delay   offset  jitter
================================================
 10.1.1.4        .INIT.          16 u    -   64    0    0.000    0.000   0.000

Проверяем интерфейсы, на которых запущен ntp.

udp        0      0 127.0.0.1:123           0.0.0.0:*                           27026/ntpd
udp        0      0 0.0.0.0:123             0.0.0.0:*                           27026/ntpd

Этого мало! Должна быть привязка к интерфейсу.
Проверяем конфиг (если привязка настраивается там), опции и скрипты запуска.
Например, /etc/conf.d/ntpd:

# Options to pass to the ntpd process
# Most people should leave this line alone ...
# however, if you know what you're doing, feel free to tweak
NTPD_OPTS="-g -u ntp:ntp -I enp4s0.10"

Интерфейс должен быть указан правильный или не указан вовсе.
Перезапускаем ntpd и проверяем:

     remote           refid      st t when poll reach   delay   offset  jitter
===================================================
+10.1.1.4        195.210.189.106  2 u   44   64  377    7.842    0.999   0.123

Норма!