Настройка NTP на контроллере домена

Отсюда: http://it.nppiris.ru/windows/windows-2003-2008-domen-time/

Находим все DC и того, кто из них PDC эмулятор
netdom query fsmo
На PDC делаем следующее
w32tm /stripchart /computer:time.windows.com /samples:5 /dataonly
которая произведет 5 сравнений с источником, а затем
w32tm /config /manualpeerlist:time.windows.com /syncfromflags:manual /reliable:yes /update
которая непосредственно выполнит настройку.
Можно указать сразу несколько серверов, в этом случае необходимо раздели имена серверов пробелом и всех их заключит в кавычки: /manualpeerlist:"time.windows.com clock0.macomnet.ru".